Ich habe tatsaechlich die Zeit gefunden und habe mir einen Prototypen/Proof-of-concept gebaut. Das ganze nennt sich desktop-command-runner und hat eine, sehr krude zusammengestoppelte, Oberflaeche so wie ich mir das vorgestellt hatte.
Befeuert wird es ueber "Command Stack" Dateien, in welchen einfach die Kommandoes mit Titel enthalten sind, zum Beispiel:
[Erster Kommando] echo "Hello World" [Zweites Kommando] rm --recursive "$HOME/irgendwo/ein/ordner" [Drittes Kommando] rsync blabla
Man hat damit eine schnelle Uebersicht welche Kommandos ausgefuehrt werden, mit welchem Ergebnis diese ausgestiegen sind und man kann sich auch noch die Ausgaben ansehen. Gegenueber einem reinen Shell-Skript hat es den Vorteil der Uebersicht. Der Vollstaendigkeithalber gibt es auch eine Text-Schnittstelle, welche man mit dem Parameter "--cli" aufrufen kann anstelle der Swing Oberflaeche.