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rs ruby shell - libR.so => not found

Status: Ungelöst | Ubuntu-Version: Nicht spezifiziert
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Vcache

Anmeldungsdatum:
3. Februar 2008

Beiträge: 19

Hi von themen schien es hier mir eher zutreffend, sorry wenn ich falsch gelandet bin... Sobald ich ins rsruby-shell mit dem Programm WikiExplorator wechsel kommt bei mir folgendes:

# irb -r wio
# Require: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory - /home/rolf/.gem/ruby/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/lib/rsruby_c.so
#         The methods based on R will not work.
#         Make sure RSRuby and all R packages needed are installed properly
# Require: no such file to load -- yajb/jbridge
#         The Java based Visualizer will not work.
# irb(main):001:0> 

Ich kann die Funktionen wofür R notwendig ist auch nicht benützen. Hab R installiert und die libR.so befindet sich in /usr/lib/R/lib/

Mit ldd sagt er nochmal das er sie nicht finden kann:

# ~/.gem/ruby/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/lib$ ldd --function-relocs rsruby_c.so
# undefined symbol: R_ClassSymbol    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_NilValue    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_Interactive    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_NaString    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_NaInt    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_DimSymbol    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_UnboundValue    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_NamesSymbol    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_GlobalEnv    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_LevelsSymbol    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_gc    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_findVar    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_CleanEd    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_unprotect    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_error    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_tryEval    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: STRING_ELT    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: COMPLEX    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_mkChar    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_coerceVector    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_setAttrib    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_RunExitFinalizers    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SET_STRING_ELT    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SET_SYMVALUE    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: INTEGER    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: rb_complex_new    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: CDR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_KillAllDevices    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_dot_Last    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: REAL    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_length    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_install    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_initEmbeddedR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_isFactor    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_endEmbeddedR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_getAttrib    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: VECTOR_ELT    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_protect    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_isNull    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SET_TAG    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: LOGICAL    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_allocVector    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SETCDR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SETCAR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_CHAR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: SET_VECTOR_ELT    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_asChar    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: CAR    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_elt    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: TYPEOF    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: R_system    (./rsruby_c.so)
# undefined symbol: Rf_PrintWarnings    (./rsruby_c.so)
#     linux-gate.so.1 =>  (0x00d2e000)
#     libruby1.8.so.1.8 => /usr/lib/libruby1.8.so.1.8 (0x00532000)
#     libR.so => not found
#     libpthread.so.0 => /lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0 (0x00e93000)
#     librt.so.1 => /lib/tls/i686/cmov/librt.so.1 (0x00c14000)
#     libdl.so.2 => /lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2 (0x00fe0000)
#     libcrypt.so.1 => /lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1 (0x0099c000)
#     libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6 (0x009e4000)
#     libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6 (0x0020b000)
#     /lib/ld-linux.so.2 (0x00688000) 

kann ich das irgendwie verlinken? Bin ein ubuntu-newbie, bitte detailiert erklären falls jemand anmerkungen hat oder mir weiterhelfen kann... Gruß Vcache

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28. März 2007

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Hast du wirklich das Paket "r-base-core" installiert?

http://packages.ubuntu.com/de/lucid/r-base-core

Vcache

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3. Februar 2008

Beiträge: 19

Synaptic: r-base-core 2.9.2-3ubuntu1 33,4mb ist installiert

Hatte über sudo apt-get install r-base sudo apt-get install r-base-dev auch alles installiert

habe karmic

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28. März 2007

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Dann habe ich leider keine weitere Idee. Gibt einige Leute die irgendwo was im Netz finden und dann einfach manuell installieren. Somit von der Seite in Ordnung.

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Hast du das gem rsruby oder RSRuby installiert? Denn das sucht er und findet es nicht. Also

1
gem install rsruby

Vcache

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3. Februar 2008

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habe es mal vor längerer Zeit gemacht, kann mich jetzt wieder dran erinnern,

das kommt dabei raus:

Building native extensions.  This could take a while...
ERROR:  Error installing rsruby:
	ERROR: Failed to build gem native extension.

/usr/bin/ruby1.8 extconf.rb
checking for main() in -lR... no

ERROR: Cannot find the R library, aborting.


Gem files will remain installed in /var/lib/gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1 for inspection.
Results logged to /var/lib/gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/ext/gem_make.out

Vcache

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
3. Februar 2008

Beiträge: 19

Den R-header findet er nicht, mal weiter schauen 🙄

 sudo gem install rsruby -- --with-R-dir=/usr/lib/R/
 
Building native extensions.  This could take a while...
ERROR:  Error installing rsruby:
	ERROR: Failed to build gem native extension.

/usr/bin/ruby1.8 extconf.rb --with-R-dir=/usr/lib/R/
checking for main() in -lR... yes
checking for R.h... no

ERROR: Cannot find the R header, aborting.


Gem files will remain installed in /var/lib/gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1 for inspection.
Results logged to /var/lib/gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/ext/gem_make.out

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29. März 2005

Beiträge: 8606

Probier mal

1
gem install rsruby -- --with-R-dir=/usr/lib/R/ --with-R-include=/usr/share/R/include/

wenn die R Bibliotheken an ihrem Standardplatz sind.

Vcache

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
3. Februar 2008

Beiträge: 19

installation hat geklappt,denke ich:

Building native extensions.  This could take a while...
Successfully installed rsruby-0.5.1.1
1 gem installed
Installing ri documentation for rsruby-0.5.1.1...
Installing RDoc documentation for rsruby-0.5.1.1...

, aber hier dran hat sich nix geändert

Require: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory - /home/rolf/.gem/ruby/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/lib/rsruby_c.so
         The methods based on R will not work.
         Make sure RSRuby and all R packages needed are installed properly
Require: no such file to load -- yajb/jbridge
         The Java based Visualizer will not work.
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