Ich bin mir noch nicht klar, wie dein Ablauf genau aussieht.
Du meldest dich mit deinem Webbrowser auf dem Host an, der die RemoteApps bereitstellt. Dann wählst du die zu startende RemoteApp auf und hier fangen für mich die Optionen an, von denen ich nicht weiß, welche bei dir zutrifft.
Der Webbrowser fragt nochmals nach einer Anmeldung, dann startet Remmina und fragt nochmals nach den Anmeldedaten
Der Webbrowser startet Remmina und Remmina fragt ein weiteres Mal nach den Anmeldedaten
Der Webbrowser fragt nochmals nach einer Anmeldung und startet dann Remmina, welches die RemoteApp ohne weitere Abfrage startet.
Grundsätzlich tippe ich mal darauf, dass Windows-Hosts hier das Kerberos-Ticket über den Webbrowser ziehen und die entsprechenden Systemkomponenten für RDP das Ticket wiederverwenden, während ein Linux-Host sich nicht die Mühe macht, ein gemeinsames Ticket zu nutzen.