Hier würde ich mal ansetzen und ein Versuch wäre es, genau das verbieten um nicht immer händisch nachzukonfigurieren:
sudo chattr +i /etc/apt/sources.list.d/skype-stable.list
Super, vielen Dank. Ich hatte schon chmod -w versucht, aber das half nicht gegen das komplette Überschreiben der Datei. chattr war mir neu. Damit und mit der Ergänzung von UlfZibis auch trusted.gpg auf immutable zu setzen, sollte es eigentlich stabil bleiben.
Ich überlege sogar noch einen Schritt weiterzugehen und alles außer den offiziellen Schlüsseln aus /etc/apt/trusted.gpg.d zu entfernen und dann
sudo chattr +i /etc/apt/trusted.gpg
auszuführen, damit auch keine Schlüssel mehr dort abgelegt werden können. Das blockiert dann natürlich auch die Schlüssel der offiziellen Quellen, die ja dort sein sollen. Die haben sich aber soweit ich sehe seit meiner Installation nicht einmal beim Wechsel von 20.04 auf 22.04 verändert. Vorausgesetzt ich kümmere mich selbst darum, die Schlüssel für neue Fremdquellen in /etc/apt/keyrings abzulegen, könnte mir das sonst noch unvorhergesehene Probleme machen?