Hmm ich hoffe ich habe dich richtig verstanden, aber ich versuch es mal.
Ich gehe jetzt mal aber davon aus das du die Befehle nur einmal beim BS start ausführen mußt.
Du kopierst einfach das:
#!/bin/bash setpci -v -H1 -s 0:0.0 50=$(printf %x $((0x$(setpci -H1 -s 0:0.0 50) | 0xFF))) setpci -v -H1 -s 0:0.0 0x58=0x18
in eine Datei (ich gebe der Datei mal den Namen blablubb).
Die speicherst du dann in dem bin Verzeichnis in deinem Home Ordner.
Danach führst du die folgenden Befehle in der Shell aus:
chmod +x ~/bin/blablubb
Danach kannst einfach wieder unter der Karteikarte Startprogramme, dein Bash-Skript angeben:
/home/<dein Benutzername>/bin/blablubb