Von IDE- nach SATA: Wahrscheinlich ja, weniger wegen der Schnittstelle als eher wegen der Leistung der Festplatten.
Bei IDE waren die schnelleren bei etwa 60mb/s maximal, mit SATA liegt man zur Zeit bei 80-110mb/s und trotzdem noch guten Zugriffszeiten. Mal angenommen, daß Du bislang eine 80er-160er HD hattest, wirst Du den Unterschied schon beim Starten spüren können, je nach Modell sogar deutlich - bei 3.5" Festplatten.
Vom Unterschied zu den Standard-Notebook Festplatten rede ich lieber gar nicht erst...
Angeraten ist die ST3250410AS, ST3250310AS oder Samsung F1 320gb. für ca. 35-50 Euro afaik. Das ist für die gebotene Leistung eigentlich kein Preis.
Compiz (der Würfel) geht selbst mit einer (mittlerweile) älteren Geforce 6100 onboard problemlos, 1gb reicht normal auch für Kubuntu/Ubuntu voll aus, wobei vom Preis her 2gb kaum teuerer sind aber mehr Reserven lassen.
Der 3000er ist Single-Core, Sockel A, 754 oder 939? Davon würde ich abhängig machen, ob wirklich CPU und Mainboard neu sollen, je nach Budget. Ansonsten würde ich tendenziell eher zum (ca. 10,- teureren) aktuelleren M3N78 raten, wenn es denn Asus sein muß. Das "größte" Problem wäre eventuell, daß Du den neuesten Grafiktreiber mittels z.B. Envy installieren mußt. Von der Grafikleistung in Bezug vor allem auf HD-Video ist der 8200er ein fühlbarer Fortschritt.
Rein von den genannten Anwendungen braucht die CPU gar nicht so irre ausfallen; ein 4600+ EE 90nm mit 2x 2.4ghz oder ein 4800+ mit 2x 2.5ghz 65nm reichen mehr als aus und sind ca. 20,- günstiger als der BE 5000+.
Speicher gibt es für um die 30,-, wobei ich zu G.Skill, MDT oder Adata bei CL5 oder G.Skill, Aeneon bei CL4 raten würde. (v.a. in Verbindung mit dem 65nm-Prozessor).
Soundprobleme sind eher ALSA- als Hardwarebedingt, im reinen Desktopmodus mit Video etc. eigentlich nicht vorhanden, aber bei einzelnen Spielen kann "handarbeit" nötig sein.