Bzgl. gnome-keyring-pkcs11.so: Ich vermute mal, dass es daran liegt, dass die bei dir installierte / menuell verlinkte Datei für 64bit (x86_64) kompiliert wurde, aber nach 32bit (i386) gesucht wird. Allerdings wirst du diese fehlende Datei vmtl. einfach ignorieren können (am besten den Softlink wieder löschen). Wine gibt eigentlich immer irgendwelche Fehlermeldungen aus und bei mir "fehlt" diese Datei auch, aber es hat bisher nicht geschadet. Ich wüsste auch nicht, was Wine mit dem GNOME Schlüsselbund anfangen sollte.
Solange die Anwendungen funktionieren, mach dir keine Gedanken über Wines Meldungen. Ganz loswerden wirst du die vmtl. eh nicht.