Das ist auf alle Fälle eine gute Idee, würde mich auch interessieren! Ob das geht, weiß ich als Anfänger aber auch nicht. Mit der Xmodmap vermute ich mal geht es nicht direkt. Ich habe mal eine USB-Tastatur angeschlossen und mit xev die Eingaben verglichen. Da wird das gleiche angegeben, soweit ich gesehen habe, egal ob mit der Laptop-Tastatur oder der USB-Tastatur eine bestimmte Taste gedrückt wird.
Man könnte vielleicht an der USB-Tastatur die Windows-Taste blockieren, also reindrücken und festklemmen oder so. Dann ließe sich vermutlich das Ganze irgendwie mit Xmodmap konfigurieren, weil an der USB-Tastatur dann standardmäßig immer "Windows+[Taste]" gedrückt wird. Also "irgendwie" könnte man das denke ich hinbasteln. Aber vielleicht gibt es auch eine elegantere Möglichkeit..
Nachtrag: Das klappt doch nicht so, die Eingaben der Tastaturen werden kombiniert. (Habe ich gerade probiert und festgestellt.)
Grüße,
gartenapfel