Moin!
Deine Beschreibung läßt mich vermuten, daß die zweite Partition (die mit FAT32-Dateisystem) bereits Daten enthält. Wenn dies so ist, ist die Installation nicht so einfach möglich, weil es zu Datenverlust kommen kann.
Um ein verschlüsseltes System zu bekommen, müssen eigentlich nur zwei Partitionen für Linux erstellt werden:
Zum einen eine kleine Partition, die die zum Starten nötigen Daten unverschlüsselt enthält und unter /boot eingehängt werden muß. Dafür reichen normalerweise 100 MB aus. Die darauf befindlichen Daten müssen unverschlüsselt sein, weil auf die verschlüsselten Daten erst zugegriffen werden kann, wenn ein Kernel geladen wurde.
Eine weitere Partition enthält die verschlüsselten Daten. Diese muß beim Installieren im ersten Schritt so eingerichtet werden, daß sie als "physikalisches Volume für Verschlüsselung" verwendet wird. Nachdem sie angelegt wurde, kann man mit dem nun sichtbaren Auswahlpunkt "Verschlüsselte Datenträger konfigurieren" die Feinheiten einstellen.
Die verschlüsselte Partition sollte man im folgenden jedoch besser so einrichten, daß sie vom "Logical Volume Manager" verwaltet wird. Über den LVM können dann die übrigen Partitionen eingerichtet werden. Hier sind eine für Swap und eine für das restliche System (/) in den meisten Fällen ausreichend. Es spricht aber nichts dagegen, weitere, z. B. für /home oder für MP3-Dateien anzulegen. Da die Verteilung innerhalb der verschlüsselten Partition dem LVM obliegt, muß man auch nicht gleich beim Installieren den gesamten Platz verteilen. Leider scheint es zum LVM zur Zeit keine (Ubuntuusers-)Wiki-Seite zu geben, die nicht zur Baustelle erklärt wurde.
Auf Deiner Festplatte müssen also zum Schluß drei Partitionen sein. Eine für /boot, eine für das verschlüsselte System und die FAT32-Partition. Die verschlüsselte Partition enthält dann alle weiteren logischen Partitionen. Keine Angst, das ist nicht schwer durchzuführen! Mehr als fünf bis zehn Minuten sollte es nicht dauern, die verschlüsselte Partition, und den LVM mit den logischen Laufwerken einzurichten.
Je nachdem, wie Deine Festplatte momentan partitioniert ist, könnte es ohne Beschädigung der Partition, die mutmaßlich bereits Daten enthält, gehen. Dabei kommte es vor allem darauf an, ob die FAT32-Partition eine primäre Partition ist oder ein logisches Laufwerk auf einer erweiterten Partition. Enthält die FAT-Partition bereits Daten, würde ich diese aber in jedem Falle sichern.
Bei der Installation mußt Du im Dialogfenster "Festplatten partitionieren" die Option "manuell" auswählen. Weitere Angaben für Deine vorhandene Festplatte kann ich Dir natürlich erst dann schreiben, wenn Du näheres über die derzeitige Partitionierung Deiner Festplatte mitteilst. Am besten wären hier natürlich die Angaben, die erscheinen, nachdem Du im Dialog "Festplatten partitionieren" die Option "manuell" ausgewählt hast.
Gruß
Ingo