Okay, soweit ich bisher verstanden habe, sieht dein Plan wie folgt aus:
Du hast einen Desktop-Rechner mit mindestens drei SATA-Anschlüssen. Darin eingebaut ist eine SSD, auf der ein unverschlüsseltes Kubuntu installiert ist, und eine unverschlüsselte HDD (HDD1), auf der deine Daten liegen, aber kein Betriebssystem. Liegen auf der SSD auch noch Daten, die nicht gelöscht werden sollen? Außerdem hast du eine neue, leere HDD (HDD2).
Ziel ist, dass am Ende im Rechner die SSD mit einem neu installierten, aktuellen, verschlüsselten Kubuntu eingebaut ist und zusätzlich HDD2 mit den Daten, die vorher auf HDD1 lagen, richtig? HDD2 soll dann auch verschlüsselt sein? HDD1 soll dann außer Betrieb genommen werden?
Die obigen Fragen zielen darauf ab, dass du zunächst deine Anfangssituation und deine Zielkonfiguration möglichst genau bestimmen musst. Anschließend kannst du dir dann überlegen wie du von der Anfangssituation zur Zielkonfiguration kommst.
Grundsätzlich wichtig: Bei solchen Konfigurationsänderungen besteht selbstverständlich immer ein Risiko von unerwünschtem Datenverlust! Insofern ist es wichtig, dass du dir vor jedem Schritt genau überlegst was du tust und welche Daten dabei ggf. gelöscht werden!
Auch unabhängig von Konfigurationsänderungen sind außerdem stets aktuelle Backups wichtig! Gerade vor größeren Änderungen, wie solchen Konfigurationsänderungen sollte nochmal ein aktuelles Backup erstellt und verifiziert werden! Falls du also noch keine aktuellen Backups von SSD und HDD1 hast, solltest du diese Backups erstellen, z.B. auf einer externen USB-Festplatte! Dabei musst du dir überlegen, ob du ein Image ziehen möchtest, welches notfalls einfach wieder zurückgespielt werden kann oder ob du nur (ggf. ausgewählte) Daten sichern möchtest.
Wie viel Speicher haben denn die SSD und die HDDs? Die Preise für SSDs sind in den letzten Jahren stark gefallen. Insofern wäre es vielleicht auch eine Option den Rechner künftig nur noch mit einer großen SSD auszustatten, die das Betriebssystem und die Daten von HDD1 aufnehmen kann? Damit sollte man deutlich schnellere Zugriffszeiten erreichen können, als mit einer zusätzlichen HDD.