Genau das habe ich als erstes probiert - bisher ohne Erfolg, freilich nur im "persönlichen Ordner". Im dconf-editor (das war der nächste Versuch) habe ich auch keinen relevanten Eintrag gefunden. (Der erscheint mir freilich auch sehr kastriert.)
Ich bin aber mittlerweile über eine weitere Kuriosität gestolpert, die dieses Problem in den meisten Fällen löst: Für manche Anwendungen, die sich aus dem laufenden Programm heraus nicht anpinnen lassen, bietet das Kontextmenü des Launchers sehr wohl die Option sie zu "favoritisieren".