Ich danke Dir sehr für die Mühe, die Du Dir gemacht hast, FoCMB. Sehr gut beschrieben!
Ich habe es alles so gemacht, wie Du es empfohlen hast und in die metadata.json die Gnome-Shell-Version 3.6.1 eingefügt. Das Ergebnis war, dass die Bottom-bar völlig verschwand, auch aus dem Overview-Modus, was mir auch sehr recht gewesen wäre.
Leider funktionierten sämtliche Extension-Schaltflächen auf der rechten Seite des Top-Panels(z.B. Thunderbird-Icon, Y-PPA-Manager usw.) nicht mehr. Der Network-Manager und die Lautstärkeregelung ließen sich aber noch anklicken(?!), Die auf der linken Seite, wie z.B. die Favorites-Extension, funktionierten noch. Allerdings waren auch alle Schaltflächen in diversen Programmen deaktiviert, so dass ich die Extension, wie von Dir beschrieben wieder entfernen musste.
Wahrscheinlich fehlt nicht viel an der perfekten Lösung...