Das ist wirklich interessant; ich habe mich hier bei mir gleich mal ans "Experimentieren" gemacht.
Ok, zuerst müssen wir aber noch die Bezeichnungen klären (die hast du etwas durcheinandergebracht, obwohl du das Verhalten an sich offensichtlich sehr gut und richtig recherchiert hast): es gibt ja das xfce4-indicator-plugin, das zeigt z.B. den Lautsprecher an, und das heißt "Nachrichtenanzeige" (diese Bezeichnung finde ich, wenn ich z.B. mit Rechtsklick auf den Lautsprecher gehe); und dann gibt es die sog. "Benachrichtigungsfläche", das ist der Bereich, der die Batterie anzeigt (diese Bezeichnung finde ich zum Beispiel bei Rechtsklick aufs Panel → Leiste → Leisteneinstellungen → Objekte).
Also das was du beschrieben hast, konnte ich nun bei mir nachvollziehen, und es scheint da tatsächlich zwei unterschiedliche Verhalten zu geben. Kompliment, wie du das recherchiert hast ☺
Wenn die "Nachrichtenanzeige" aktiviert ist (also das Lautsprechersymbol angezeigt wird), dann wird mir Skype auch dort angezeigt. So, und bei diesem Skype-Symbol kommt bei mir mit Linksklick das Menü mit "Aktivieren" usw.
Wenn ich diese "Nachrichtenanzeige" deaktiviere (bzw. xfce4-indicator-plugin deinstalliere - die ganz harte Tour, hab ich auch mal probiert 😉 ), dann wird mir das Skype-Icon in der "Benachrichtigungsfläche" zwischen Netzwerk und Batterie angezeigt. Und bei diesem Skype-Icon erhalte ich tatsächlich mit Rechtsklick wie von dir beschrieben ein Optionsmenü und mit Linksklick einen direkten Fensterstart.
Jetzt ist natürlich für dich die Frage, ob du ohne gewohntes Lautsprechersymbol leben kannst. Alternativ könntest du natürlich auch manuell eine Starter für den "Lautstärkeregler" erstellen, ist zwar nicht das gleiche, es öffnet sich pavucontrol, aber die Lautstärke könntest du trotzdem regeln.
Nun gut, das ist ja eine interessante kleine Sache, hätte ich nicht gedacht, dass sich das Skype-Icon so unterschiedlich verhält ☺
Gruß.