Hallo,
schließe als erstes Evolution, öffne bitte nautilus und navigiere zu deinem homeverzeichnis. Lass dir unter "Ansicht" in der Statusleiste auch die "verborgenen Dateien" anzeigen. Gehe dann zum folgenden Ordner:
.evolution/mail/local
und suche eine Datei namens: folders.db
Die wird vermutlich daran schuld sein. Schneide die Datei aber sicherheitshalber erstmal nur aus und lege sie irgendwo anders ab (zb auf den Desktop). Dann starte Evolution neu und versuche nun den Mülleimer zu leeren. Beim Start von Evolution wird auch gleich eine neue Datei namens folders.db angelegt. Wenn nun alles funktioniert, kannst du die ehemalige Datei löschen.
Sollte das nicht die Lösung sein, kannst du im Zweifel wenigstens die alte Datei wieder an Ihren Platz zurück kopieren.
Gruß
Tom