Das dürfte beides keine Lösung sein. Compiz muss laufen, sonst wäre der Launcher und das Panel oben auch nicht zu sehen. Ein compiz --replace bringt wenig, wenn Compiz schon läuft.
JanDasOrginal bezieht sich auf die Menüs. Was Micronetic aber fehlt sind die Fensterrahmen. Ich tippe eher auf einen Fehler beim Window Decorator von Compiz.
Am einfachsten wäre es, Unity und Compiz mal auf den Ursprungszustand zu setzen. Das könnte das Problem schon beheben. Ab dann sollte man Vorsicht walten lassen, wenn man an den Compiz Einstellungen etwas ändert. Es verträgt sich noch nicht alles mit Unity.
unity --reset