Dann mache ich mal den Anfang, bevor gar keiner antwortet 😉.
Ich könnte mir (aus der Ferne) vorstellen, daß es was mit dem Einbinden der Windows-Partition zu tun hat:
Wenn Ubuntu läuft und Du z.B. über Nautilus etwas von der Win-Partition holst, wird sie automatisch eingebunden. Sodaß Du auch die dortigen Ordner als Verknüpfung auf den Schirm holen kannst.
Wenn Du die Kiste dann ausmachst oder neustartest, werden alle eingebundenen Partitionen turnusmäßig getrennt. Beim Neustart bindet das System dann zwar automatisch Partitionen ein, aber nur diejenigen, die in der Konfiturationsdatei namens fstab aufgelistet sind. Da dürfte die Win-Partition (vermute ich mal schwer) nicht darunter sein. Das ist auch ganz sinnvoll - denn sofern Windows sich mal verschluckt hat (was ja vorkommen soll 😀) und Du es mit der Keule (Netzstecker raus) beenden mußtest, gibt es beim nächsten Ubuntu-Start höchstwahrscheinlich Schwierigkeiten mit der Win-Partitions-Einbindung (denn Windows hat sie ja sozusagen noch nicht freitegeben). Ähnliches Problem: wenn Du Windows in den Ruhezustand versetzt und dann Ubuntu startest. Generell steht hier einiges zum Einbinden von Windows-Partitionen.
Von daher dürfte es wahrscheinlich die Lösung sein, wenn Du bequem über Bildschirm-Verknüpfung an die Dateien ran willst:
entweder die Ordner ins ubuntu-eigene /home-Verzeichnis zu kopieren
oder in eine weitere, sozusagen eine Daten-Austausch-Partition, auf die Du mit Ubuntu und Windows draufkommst (die dazu in einem windows-lesbaren Dateisystem formatiert sein müßte). Die könntest Du dann jeweils über das besagte fstab in Ubuntu einbinden.
Oder Du bindest jeweils per Hand (z.B. über das Aufrufen in Nautilus) die Windows-Partition ein.
Generell scheint's mir, daß man beim Einbinden von Windows-Partitionen ruhig penibel nach Vorschrift vorgehen sollte (z.B. nach diesem ausführlichen Artikel). Ich selber war in meinen eigenen Vor-Linux-Zeiten da unter WinXP einmal schludrig mit einer externen NTFS-Festplatte. Und wenn ich nicht von allen wichtigen Dateien Sicherheitskopien gehabt hätte, wären in dem Moment fast alle Materialien für meine Doktorarbeit weggewesen, und mehrere Jahre Arbeit 😲. Das sind dann wahre Schreckensmomente 😉...
Michael