Moin,
ich hab das schonmal gemacht nachdem unser Server abgeraucht war. Von MySQL 4.xx nach 5.01 (Suse 9.2 nach Suse 10.1). Hat ohne zu murren funktioniert. Aber das kann man ja ganz easy testen...
Lege ein Verzeichnis an und kopiere die DB-Dateien dort hin. Danach stellst Du dieses Verzeichnis in der my.ini ein. Neustart MySql: Wenns geht → alles Super, wenn nicht:
Dump aller DBs
mysqldump -h <deinHostName> -u <username> --password=<passwort> --all-databases > /path/to/dumpfile.sql
Einspielen der Datei:
mysql -h <deinHostName> -u <username> --password=<passwort> < /path/to/dumpfile.sql
Siehe auch die Manpages dazu bzw. mysqldump und mysql --help. Es gibt noch diverse weitere Argumente (Stichworte Zeichensätze, Kollationen, Abwärtskompatibilität), aber das kennt man ja bereits...
Ist Kinderleicht.