ubuntuusers.de

Nach Upgrade von bionic: akonadi schlägt mit „unknown error“ und exit code 1 fehl

Status: Gelöst | Ubuntu-Version: Kubuntu 20.04 (Focal Fossa)
Antworten |

floogy

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Da die Abhängigkeiten des virtuellen Pakets virtual-mysql-server-core durch die Installation von MySQL 8 erfüllt wurden, waren aus Sicht der Paketverwaltung alle Abhängigkeiten für akonadi-backend-mysql erfüllt.

Da virtual-mysql-server-core mysql8.0 referenziert, glaube ich nicht, dass es damit zusammenhängen muss.

Ich habe allerdings au8ch (wieder einmal) das Problem nach einem LTS upgrade von bionic, dass akonadi das upgrade wieder nicht schadlos überstanden hat. Mysql 5.7 auf mysql 8.0 war auch problematisch, wegen zu alter Datenstrukturen, die in 5.7 schon deprecated waren.

Moderiert von ChickenLipsRfun2eat:

Der Beitrag ist von Akonadi-Server startet nicht seit Update auf Kubuntu 20.04 abgetrennt worden. Bitte entführe keine Themen (Verhaltenscodex)!

ChickenLipsRfun2eat Team-Icon

Anmeldungsdatum:
6. Dezember 2009

Beiträge: 12067

floogy schrieb:

Ich habe allerdings au8ch (wieder einmal) das Problem…

Möchtest du das hier gelöst haben oder was ist dein Grund das alte Thema wiederzubeleben? Hier ging es um 19.10 → 20.04, was hoffentlich bei dir nicht der Fall ist 😉

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Ich würde gerne versuchen das mit mysql8.0 zu lösen.

Da virtual-mysql-server-core mysql8.0 referenziert, glaube ich nicht, dass es damit zusammenhängen muss.

Ich mache dazu aber noch einen eigenen Thread.

Ooops. Mit der Einschätzung liege ich wohl falsch?

$ dpkg -l *mysql-server*
Gewünscht=Unbekannt/Installieren/R=Entfernen/P=Vollständig Löschen/Halten
| Status=Nicht/Installiert/Config/U=Entpackt/halb konFiguriert/
         Halb installiert/Trigger erWartet/Trigger anhängig
|/ Fehler?=(kein)/R=Neuinstallation notwendig (Status, Fehler: GROSS=schlecht)
||/ Name                      Version                 Architektur  Beschreibung
+++-=========================-=======================-============-===================================================================
un  default-mysql-server      <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)
ii  mysql-server              8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 all          MySQL database server (metapackage depending on the latest version)
un  mysql-server-5.5          <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)
un  mysql-server-5.7          <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)
ii  mysql-server-8.0          8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 amd64        MySQL database server binaries and system database setup
un  mysql-server-core-5.7     <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)
ii  mysql-server-core-8.0     8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 amd64        MySQL database server binaries
un  virtual-mysql-server      <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)
un  virtual-mysql-server-core <keine>                 <keine>      (keine Beschreibung vorhanden)

This package includes the core server files, as used by Akonadi. conflicts: [...] mysql-server-8.0, virtual-mysql-server-core

$ apt info mariadb-server-core-10.3 -a
Package: mariadb-server-core-10.3
Version: 1:10.3.25-0ubuntu0.20.04.1
Priority: optional
Section: universe/database
Source: mariadb-10.3
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
Original-Maintainer: Debian MySQL Maintainers <pkg-mysql-maint@lists.alioth.debian.org>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 38,4 MB
Provides: virtual-mysql-server-core
Depends: mariadb-common (>= 1:10.3.25-0ubuntu0.20.04.1), libaio1 (>= 0.3.93), libc6 (>= 2.29), libcrypt1 (>= 1:4.1.0), liblz4-1 (>= 0.0~r130), libpcre3, libsnappy1v5 (>= 1.1.8), libstdc++6 (>= 9), libsystemd0, zlib1g (>= 1:1.2.0)
Conflicts: mariadb-galera-server-5.5, mysql-server-5.5, mysql-server-5.6, mysql-server-5.7, mysql-server-8.0, virtual-mysql-server-core
Breaks: mariadb-client-10.1, mariadb-server-10.1, mariadb-server-10.2, mariadb-server-10.3 (<< 1:10.3.13-2), mariadb-server-core-10.0, mariadb-server-core-10.1, mariadb-server-core-10.2, mariadb-server-core-5.5, mysql-client-5.5, mysql-client-5.6, mysql-server-core-5.5, mysql-server-core-5.6, mysql-server-core-5.7, mysql-server-core-8.0
Replaces: mariadb-client-10.1, mariadb-server-10.1, mariadb-server-10.2, mariadb-server-10.3 (<< 1:10.3.13-2), mariadb-server-core-10.0, mariadb-server-core-10.1, mariadb-server-core-10.2, mariadb-server-core-5.5, mysql-client-5.5, mysql-client-5.6, mysql-client-5.7, mysql-client-8.0, mysql-server-core-5.5, mysql-server-core-5.6, mysql-server-core-5.7, mysql-server-core-8.0, virtual-mysql-server-core
Homepage: https://mariadb.org/
Download-Size: 5.987 kB
APT-Sources: http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/universe amd64 Packages
Description: MariaDB database core server files
 MariaDB is a fast, stable and true multi-user, multi-threaded SQL database
 server. SQL (Structured Query Language) is the most popular database query
 language in the world. The main goals of MariaDB are speed, robustness and
 ease of use.
 .
 This package includes the core server files, as used by Akonadi.

Package: mariadb-server-core-10.3
Version: 1:10.3.22-1ubuntu1
Priority: optional
Section: universe/database
Source: mariadb-10.3
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
Original-Maintainer: Debian MySQL Maintainers <pkg-mysql-maint@lists.alioth.debian.org>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 38,3 MB
Provides: virtual-mysql-server-core
Depends: mariadb-common (>= 1:10.3.22-1ubuntu1), libaio1 (>= 0.3.93), libc6 (>= 2.29), libcrypt1 (>= 1:4.1.0), liblz4-1 (>= 0.0~r130), libpcre3, libsnappy1v5 (>= 1.1.8), libstdc++6 (>= 9), libsystemd0, zlib1g (>= 1:1.2.0)
Conflicts: mariadb-galera-server-5.5, mysql-server-5.5, mysql-server-5.6, mysql-server-5.7, mysql-server-8.0, virtual-mysql-server-core
Breaks: mariadb-client-10.1, mariadb-server-10.1, mariadb-server-10.2, mariadb-server-10.3 (<< 1:10.3.13-2), mariadb-server-core-10.0, mariadb-server-core-10.1, mariadb-server-core-10.2, mariadb-server-core-5.5, mysql-client-5.5, mysql-client-5.6, mysql-server-core-5.5, mysql-server-core-5.6, mysql-server-core-5.7, mysql-server-core-8.0
Replaces: mariadb-client-10.1, mariadb-server-10.1, mariadb-server-10.2, mariadb-server-10.3 (<< 1:10.3.13-2), mariadb-server-core-10.0, mariadb-server-core-10.1, mariadb-server-core-10.2, mariadb-server-core-5.5, mysql-client-5.5, mysql-client-5.6, mysql-client-5.7, mysql-client-8.0, mysql-server-core-5.5, mysql-server-core-5.6, mysql-server-core-5.7, mysql-server-core-8.0, virtual-mysql-server-core
Homepage: https://mariadb.org/
Download-Size: 6.011 kB
APT-Sources: http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
Description: MariaDB database core server files
 MariaDB is a fast, stable and true multi-user, multi-threaded SQL database
 server. SQL (Structured Query Language) is the most popular database query
 language in the world. The main goals of MariaDB are speed, robustness and
 ease of use.
 .
 This package includes the core server files, as used by Akonadi.

Depends: libqt5sql5-mysql, mariadb-client-core-10.3 | virtual-mysql-client-core, mariadb-server-core-10.3 | virtual-mysql-server-core

$ apt info akonadi-backend-mysql
Package: akonadi-backend-mysql
Version: 4:19.12.3-0ubuntu2
Priority: extra
Section: universe/misc
Source: akonadi
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
Original-Maintainer: Debian/Kubuntu Qt/KDE Maintainers <debian-qt-kde@lists.debian.org>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 66,6 kB
Depends: libqt5sql5-mysql, mariadb-client-core-10.3 | virtual-mysql-client-core, mariadb-server-core-10.3 | virtual-mysql-server-core
Recommends: akonadi-server
Breaks: akonadi-server (<< 1.3.60~)
Replaces: akonadi-server (<< 1.3.60~)
Homepage: http://pim.kde.org/akonadi
Download-Size: 11,8 kB
APT-Manual-Installed: yes
APT-Sources: http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
Description: MySQL storage backend for Akonadi
 Akonadi is an extensible cross-desktop Personal Information Management
 (PIM) storage service. It provides a common framework for applications to
 store and access mail, calendars, addressbooks, and other PIM data.
 .
 This package installs everything what's needed for Akonadi to work with
 MySQL as underlying data storage engine. By default, a local MySQL server
 instance will be started for each user. Alternatively, connection to an
 external MySQL database is supported as well.
~$ apt info virtual-mysql-client-core
Package: virtual-mysql-client-core
State: kein reales Paket (virtuell)
N: Es kann kein Installationskandidat von Paket »virtual-mysql-client-core« ausgewählt werden, da kein solcher existiert.
N: Es können keine Versionen von Paket »virtual-mysql-client-core« ausgewählt werden, da es rein virtuell ist.
N: Keine Pakete gefunden
~$ apt info virtual-mysql-server-core
Package: virtual-mysql-server-core
State: kein reales Paket (virtuell)
N: Es kann kein Installationskandidat von Paket »virtual-mysql-server-core« ausgewählt werden, da kein solcher existiert.
N: Es können keine Versionen von Paket »virtual-mysql-server-core« ausgewählt werden, da es rein virtuell ist.
N: Keine Pakete gefunden

Na, da kann ich ja lange versuchen das zum Laufen zu bringen ...




– Hier meine Fehlermeldung:

$ org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.364" owner changed from ":1.364" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.366" owner changed from "" to ":1.366"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.367" owner changed from "" to ":1.367"
org.kde.pim.akonadiserver: Starting up the Akonadi Server...
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysql_install_db:  ""
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysqlcheck:  "/usr/bin/mysqlcheck"
org.kde.pim.akonadiserver: Using mysqld: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadiserver: mysqld reports version 8.0.23 (Oracle MySQL)
org.kde.pim.akonadiserver: Executing: "/usr/sbin/mysqld-akonadi" "--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf --datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ --socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket --pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.368" owner changed from "" to ":1.368"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.368" owner changed from ":1.368" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.369" owner changed from "" to ":1.369"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.369" owner changed from ":1.369" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.370" owner changed from "" to ":1.370"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.370" owner changed from ":1.370" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.371" owner changed from "" to ":1.371"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.371" owner changed from ":1.371" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.372" owner changed from "" to ":1.372"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.372" owner changed from ":1.372" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.373" owner changed from "" to ":1.373"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.373" owner changed from ":1.373" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.374" owner changed from "" to ":1.374"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.374" owner changed from ":1.374" to ""
org.kde.pim.akonadiserver: database server stopped unexpectedly
org.kde.pim.akonadiserver: Database process exited unexpectedly during initial connection!
org.kde.pim.akonadiserver: executable: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadiserver: arguments: ("--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf", "--datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/", "--socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket", "--pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid")
org.kde.pim.akonadiserver: stdout: ""
org.kde.pim.akonadiserver: stderr: ""
org.kde.pim.akonadiserver: exit code: 1
org.kde.pim.akonadiserver: process error: "Unknown error"
org.kde.pim.akonadiserver: terminating connection threads
org.kde.pim.akonadiserver: terminating service threads
org.kde.pim.akonadiserver: stopping db process
mysqladmin: connect to server at 'localhost' failed
error: 'Can't connect to local MySQL server through socket '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' (2)'
Check that mysqld is running and that the socket: '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' exists!
org.kde.pim.akonadiserver: Failed to remove runtime connection config file
org.kde.pim.akonadiserver: Shutting down AkonadiServer...
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.367" owner changed from ":1.367" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Application '/usr/bin/akonadiserver' exited normally...
$ tail /home/gerhard/.local/share/akonadi/Akonadi.error.old
2021-05-07T19:16:25 [WARN ] default: Connecting to deprecated signal QDBusConnectionInterface::serviceOwnerChanged(QString,QString,QString)
$ tail /home/gerhard/.local/share/akonadi/Akonadi.error
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadiserver: arguments: ("--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf", "--datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/", "--socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket", "--pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid")
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadiserver: stdout: ""
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadiserver: stderr: ""
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadiserver: exit code: 1
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadiserver: process error: "Unknown error"
2021-05-07T19:16:30 [DEBUG] org.kde.pim.akonadiserver: terminating connection threads
2021-05-07T19:16:30 [DEBUG] org.kde.pim.akonadiserver: terminating service threads
2021-05-07T19:16:30 [DEBUG] org.kde.pim.akonadiserver: stopping db process
2021-05-07T19:16:30 [CRITICAL] org.kde.pim.akonadise2021-05-07T19:16:30 [DEBUG] org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.389" owner changed from ":1.389" to ""
2021-05-07T19:16:30 [INFO ] org.kde.pim.akonadicontrol: Application '/usr/bin/akonadiserver' exited normally...
$ strace akonadictl start --verbose 2>&1 |grep -i found
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysql_install_db:  ""
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysqlcheck:  "/usr/bin/mysqlcheck"

apparmor

Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: kauditd_printk_skb: 6 callbacks suppressed
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.311:426): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.my.cnf" pid=40862 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.323:427): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:428): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:429): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="wrc" denied_mask="wrc" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:430): apparmor="ALLOWED" operation="unlink" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="d" denied_mask="d" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:431): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:432): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="wrc" denied_mask="wrc" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:433): apparmor="ALLOWED" operation="unlink" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="d" denied_mask="d" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:434): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
Mai 07 19:16:25 ubuntu kernel: audit: type=1400 audit(1620407785.519:435): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err" pid=40863 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="ac" denied_mask="ac" fsuid=1000 ouid=1000
$ sudo aa-status --pretty-json | egrep 'kmail|mysql|akonadi'
        "/usr/sbin/mysqld": "complain",
        "/usr/sbin/mysqld-akonadi": "complain",

config

$ egrep -v '#|^ *$'  ~/.config/akonadi/akonadiserverrc 
[Debug]
Tracer=null
[%General]
Driver=QMYSQL
[QMYSQL]
Host=
Name=akonadi
Options="UNIX_SOCKET=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket"
ServerPath=/usr/sbin/mysqld-akonadi
StartServer=true 
$ egrep -v '#|^ *$' /home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf                      
[mysqld]
character_set_server=utf8
collation_server=utf8_general_ci
default_storage_engine=innodb
innodb_buffer_pool_size=128M
innodb_file_per_table=1
innodb_flush_log_at_trx_commit=2
innodb_log_buffer_size=1M
innodb_log_file_size=64M
log_error=mysql.err
log_warnings=2
lower_case_table_names=1
max_allowed_packet=32M
max_connections=256
query_cache_size=0
query_cache_type=0
skip_grant_tables
skip_networking
table_open_cache=200
thread_cache_size=3
wait_timeout=31536000
key_buffer_size=16K
secure_file_priv=
sql_mode=NO_ENGINE_SUBSTITUTION
[client]
default-character-set=utf8

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Die apparmor Meldungen von jackow sehen danach aus, als müsse mysql-akonadi im complain modus laufen, um das Problem dann zu analysieren und zu lösen.

sudo aa-complain mysqld_akonadi

https://wiki.ubuntuusers.de/AppArmor/
https://wiki.kairaven.de/open/os/linux/apparmor

ChickenLipsRfun2eat Team-Icon

Anmeldungsdatum:
6. Dezember 2009

Beiträge: 12067

So, jetzt hast zumindest deinen eigenen Thread.

Ich würde wie folgt vorgehen. Zunächst als root

1
2
3
4
5
apt clean apt upgrade && apt full-upgrade && apt autoremove
dpkg --configure -a
apt -f install
# simulation:
apt -s install --reinstall akonadi-server libmysqlclient21 mysql-common libqt5sql5-mysql

Dann wäre zumindest wenn die beiden letzten Befehle ohne Meldung durchlaufen das System soweit bereit. Anschliessend noch journalctl auf Fehler, etc. prüfen. Falls das soweit passt, kannst du dich dann der grafischen Oberfläche widmen.

1
akonadictl fsck && akonadictl restart

Eventuell gibt es mehr Informationen, wenn du akonadi selbst startest:

1
2
3
akonadictl stop

/usr/sbin/mysqld-akonadi --defaults-file=/home/$USER/.local/share/akonadi/mysql.conf --datadir=/home/$USER/.local/share/akonadi/db_data/ --socket=/run/user/$(id -u)/akonadi/mysql.socket --pid-file=/run/user/$(id -u)/akonadi/mysql.pid

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Okay, sorry. Zum complain modus nur noch dieser Nachtrag:

Wahrscheinlich müssen ein paar Zeilen danach für apparmor angepasst werden.
Siehe letzte Antwort von dargaud https://unix.stackexchange.com/questions/451186/kde-kontact-applications-fail-to-start-the-akonadi-personal-information-managem#451187

Solution, adding the following two lines to the apparmor config file for mysqld:

$ sudo nano /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
/{,var/}run/user/[0-9]*/akonadi/** rw,
/home/*/.local/share/akonadi/** rwk,

Followed by:

$ sudo systemctl restart apparmor.service
$ akonadictl --verbose start 

Ich habe inzwischen das system etwas gerade-gezogen, da es teilweise von debian-woody>ubuntu-hoary>(neuinstallation mit übernommenen Daten)>breezy>...>16.04>(per skript von i386 auf amd64 upgegraded)>18.04>20.04 upgergraded wurde und ich mich nie sonderlich um orphans gekümmert habe, also Altlasten mitschleppe. Das versuche ich nun zu ändern.

Inzwischen zeigt dpkg nur noch ^ii oder ^un an. apt-show-versions zeigt allerdings noch i386 Pakete und Pakete mit "no available versions in archive" an. Die kann ich wohl auch noch deinstallieren, da sie in der sources-list nicht mehr referenziert sind (Fremdquellen/ppa/aus alten Versionen etc.).

Im Konflikt mit dem System stehen sie aber nicht.

Daher auch:

apt clean apt upgrade && apt full-upgrade && apt autoremove
dpkg --configure -a
apt -f install
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo apt clean apt upgrade && sudo apt update && sudo apt full-upgrade && sudo apt autoremove
OK:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
OK:2 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease                                                                                         
Holen:3 http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease [114 kB]                                                                                  
OK:4 https://download.docker.com/linux/ubuntu focal InRelease                                                                              
OK:5 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease                                                                                   
Holen:6 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease [109 kB]                                         
Es wurden 223 kB in 1 s geholt (208 kB/s).
usage: debtags [-h] [--version] [--verbose] [--debug]
               {tag,cat,grep,check,diff,mkpatch,search,dumpavail,show,submit,tagcat,tagshow,tagsearch,update,vocfilter} ...
debtags: error: unrecognized arguments: --local
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Alle Pakete sind aktuell.
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Paketaktualisierung (Upgrade) wird berechnet... Fertig
0 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
0 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo dpkg --configure -a
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo apt -f install
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
0 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.

reinstall (hatte ich zuvor auch schon versucht)

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo apt -s install --reinstall akonadi-server libmysqlclient21 mysql-common libqt5sql5-mysql
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
0 aktualisiert, 0 neu installiert, 4 erneut installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Inst libmysqlclient21 [8.0.23-0ubuntu0.20.04.1] (8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 Ubuntu:20.04/focal-security, Ubuntu:20.04/focal-updates [amd64])
Inst libqt5sql5-mysql [5.12.8+dfsg-0ubuntu1] (5.12.8+dfsg-0ubuntu1 Ubuntu:20.04/focal [amd64])
Inst mysql-common [5.8+1.0.5ubuntu2] (5.8+1.0.5ubuntu2 Ubuntu:20.04/focal [all])
Inst akonadi-server [4:19.12.3-0ubuntu2] (4:19.12.3-0ubuntu2 Ubuntu:20.04/focal [amd64])
Conf libmysqlclient21 (8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 Ubuntu:20.04/focal-security, Ubuntu:20.04/focal-updates [amd64])
Conf libqt5sql5-mysql (5.12.8+dfsg-0ubuntu1 Ubuntu:20.04/focal [amd64])
Conf mysql-common (5.8+1.0.5ubuntu2 Ubuntu:20.04/focal [all])
Conf akonadi-server (4:19.12.3-0ubuntu2 Ubuntu:20.04/focal [amd64])
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo apt install --reinstall akonadi-server libmysqlclient21 mysql-common libqt5sql5-mysql
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.       
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
0 aktualisiert, 0 neu installiert, 4 erneut installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Es müssen 2.227 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 0 B Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Holen:1 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 libmysqlclient21 amd64 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1 [1.224 kB]
Holen:2 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 libqt5sql5-mysql amd64 5.12.8+dfsg-0ubuntu1 [47,6 kB]
Holen:3 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/main amd64 mysql-common all 5.8+1.0.5ubuntu2 [7.496 B]
Holen:4 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 akonadi-server amd64 4:19.12.3-0ubuntu2 [948 kB]
Es wurden 2.227 kB in 0 s geholt (4.476 kB/s).                                   
(Lese Datenbank ... 934768 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Vorbereitung zum Entpacken von .../libmysqlclient21_8.0.23-0ubuntu0.20.04.1_amd64.deb ...
Entpacken von libmysqlclient21:amd64 (8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) über (8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../libqt5sql5-mysql_5.12.8+dfsg-0ubuntu1_amd64.deb ...
Entpacken von libqt5sql5-mysql:amd64 (5.12.8+dfsg-0ubuntu1) über (5.12.8+dfsg-0ubuntu1) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../mysql-common_5.8+1.0.5ubuntu2_all.deb ...
Entpacken von mysql-common (5.8+1.0.5ubuntu2) über (5.8+1.0.5ubuntu2) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../akonadi-server_4%3a19.12.3-0ubuntu2_amd64.deb ...
Entpacken von akonadi-server (4:19.12.3-0ubuntu2) über (4:19.12.3-0ubuntu2) ...
mysql-common (5.8+1.0.5ubuntu2) wird eingerichtet ...
libmysqlclient21:amd64 (8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) wird eingerichtet ...
libqt5sql5-mysql:amd64 (5.12.8+dfsg-0ubuntu1) wird eingerichtet ...
akonadi-server (4:19.12.3-0ubuntu2) wird eingerichtet ...
Trigger für libc-bin (2.31-0ubuntu9.2) werden verarbeitet ...
Trigger für man-db (2.9.1-1) werden verarbeitet ...
Trigger für shared-mime-info (1.15-1) werden verarbeitet ...

Fortschritt: [ 94%] [###########################################################################################################################........] 
Trigger für hicolor-icon-theme (0.17-2) werden verarbeitet ...
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ 

apparmor

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo systemctl restart apparmor.service
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo systemctl status apparmor.service 
● apparmor.service - Load AppArmor profiles
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/apparmor.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (exited) since Sat 2021-05-08 13:36:52 CEST; 10s ago
       Docs: man:apparmor(7)
             https://gitlab.com/apparmor/apparmor/wikis/home/
    Process: 3113669 ExecStart=/lib/apparmor/apparmor.systemd reload (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 3113669 (code=exited, status=0/SUCCESS)

Mai 08 13:36:44 ubuntu systemd[1]: Starting Load AppArmor profiles...
Mai 08 13:36:44 ubuntu apparmor.systemd[3113669]: Restarting AppArmor
Mai 08 13:36:44 ubuntu apparmor.systemd[3113669]: Reloading AppArmor profiles
Mai 08 13:36:46 ubuntu apparmor.systemd[3113687]: Warning: found usr.bin.freshclam in /etc/apparmor.d/force-complain, forcing complain mode
Mai 08 13:36:46 ubuntu apparmor.systemd[3113687]: Warnung aus /etc/apparmor.d (/etc/apparmor.d/usr.bin.freshclam Zeile 48): Warning failed to create cache:>
Mai 08 13:36:47 ubuntu apparmor.systemd[3113697]: Skipping profile in /etc/apparmor.d/disable: usr.bin.firefox
Mai 08 13:36:48 ubuntu apparmor.systemd[3113715]: Skipping profile in /etc/apparmor.d/disable: usr.sbin.rsyslogd
Mai 08 13:36:52 ubuntu systemd[1]: Finished Load AppArmor profiles.
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo apparmor_status
apparmor module is loaded.
89 profiles are loaded.
64 profiles are in enforce mode.
   /snap/snapd/11588/usr/lib/snapd/snap-confine
   /snap/snapd/11588/usr/lib/snapd/snap-confine//mount-namespace-capture-helper
   /usr/bin/evince
   /usr/bin/evince-previewer
   /usr/bin/evince-previewer//sanitized_helper
   /usr/bin/evince-thumbnailer
   /usr/bin/evince//sanitized_helper
   /usr/bin/man
   /usr/bin/pidgin
   /usr/bin/pidgin//sanitized_helper
   /usr/bin/totem
   /usr/bin/totem-audio-preview
   /usr/bin/totem-video-thumbnailer
   /usr/bin/totem//sanitized_helper
   /usr/lib/NetworkManager/nm-dhcp-client.action
   /usr/lib/NetworkManager/nm-dhcp-helper
   /usr/lib/connman/scripts/dhclient-script
   /usr/lib/cups/backend/cups-pdf
   /usr/lib/lightdm/lightdm-guest-session
   /usr/lib/lightdm/lightdm-guest-session//chromium
   /usr/lib/snapd/snap-confine
   /usr/lib/snapd/snap-confine//mount-namespace-capture-helper
   /usr/lib/telepathy/mission-control-5
   /usr/lib/telepathy/telepathy-*
   /usr/lib/telepathy/telepathy-*//pxgsettings
   /usr/lib/telepathy/telepathy-*//sanitized_helper
   /usr/lib/telepathy/telepathy-ofono
   /usr/sbin/apt-cacher-ng
   /usr/sbin/cups-browsed
   /usr/sbin/cupsd
   /usr/sbin/cupsd//third_party
   /usr/sbin/haveged
   /usr/sbin/tcpdump
   /{,usr/}sbin/dhclient
   chromium_browser//browser_java
   chromium_browser//browser_openjdk
   chromium_browser//sanitized_helper
   docker-default
   libreoffice-senddoc
   libreoffice-soffice//gpg
   libreoffice-xpdfimport
   lsb_release
   man_filter
   man_groff
   nvidia_modprobe
   nvidia_modprobe//kmod
   snap-update-ns.chromium
   snap-update-ns.lxd
   snap.chromium.chromedriver
   snap.chromium.chromium
   snap.chromium.hook.configure
   snap.lxd.activate
   snap.lxd.benchmark
   snap.lxd.buginfo
   snap.lxd.check-kernel
   snap.lxd.daemon
   snap.lxd.hook.configure
   snap.lxd.hook.install
   snap.lxd.hook.remove
   snap.lxd.lxc
   snap.lxd.lxc-to-lxd
   snap.lxd.lxd
   snap.lxd.migrate
   system_tor
25 profiles are in complain mode.
   /usr/bin/freshclam
   /usr/bin/irssi
   /usr/sbin/dnsmasq
   /usr/sbin/dnsmasq//libvirt_leaseshelper
   /usr/sbin/mysqld
   /usr/sbin/mysqld-akonadi
   avahi-daemon
   chromium_browser
   chromium_browser//chromium_browser_sandbox
   chromium_browser//lsb_release
   chromium_browser//xdgsettings
   identd
   klogd
   libreoffice-oopslash
   libreoffice-soffice
   mdnsd
   nmbd
   nscd
   ping
   smbd
   smbldap-useradd
   smbldap-useradd///etc/init.d/nscd
   syslog-ng
   syslogd
   traceroute
11 processes have profiles defined.
7 processes are in enforce mode.
   /usr/lib/telepathy/mission-control-5 (5396) 
   /usr/sbin/cups-browsed (62904) 
   /usr/sbin/cupsd (62903) 
   /usr/lib/cups/notifier/dbus (62916) /usr/sbin/cupsd
   /usr/sbin/haveged (3489) 
   /sbin/dhclient (8200) /{,usr/}sbin/dhclient
   /usr/bin/tor (4582) system_tor
4 processes are in complain mode.
   /usr/bin/freshclam (4144) 
   /usr/sbin/dnsmasq (4054) 
   /usr/sbin/avahi-daemon (3623) avahi-daemon
   /usr/sbin/avahi-daemon (3901) avahi-daemon
0 processes are unconfined but have a profile defined.

akonadi

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ akonadictl --verbose start 
Connecting to deprecated signal QDBusConnectionInterface::serviceOwnerChanged(QString,QString,QString)
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ org.kde.pim.akonadiserver: Starting up the Akonadi Server...
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.717" owner changed from "" to ":1.717"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.718" owner changed from "" to ":1.718"
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysql_install_db:  ""
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysqlcheck:  "/usr/bin/mysqlcheck"
org.kde.pim.akonadiserver: Using mysqld: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadiserver: mysqld reports version 8.0.23 (Oracle MySQL)
org.kde.pim.akonadiserver: Executing: "/usr/sbin/mysqld-akonadi" "--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf --datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ --socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket --pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.719" owner changed from "" to ":1.719"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.719" owner changed from ":1.719" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.720" owner changed from "" to ":1.720"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.720" owner changed from ":1.720" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.721" owner changed from "" to ":1.721"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.721" owner changed from ":1.721" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.722" owner changed from "" to ":1.722"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.722" owner changed from ":1.722" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.723" owner changed from "" to ":1.723"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.723" owner changed from ":1.723" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.724" owner changed from "" to ":1.724"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.724" owner changed from ":1.724" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.725" owner changed from "" to ":1.725"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.725" owner changed from ":1.725" to ""
org.kde.pim.akonadiserver: database server stopped unexpectedly
org.kde.pim.akonadiserver: Database process exited unexpectedly during initial connection!
org.kde.pim.akonadiserver: executable: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadiserver: arguments: ("--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf", "--datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/", "--socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket", "--pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid")
org.kde.pim.akonadiserver: stdout: ""
org.kde.pim.akonadiserver: stderr: ""
org.kde.pim.akonadiserver: exit code: 1
org.kde.pim.akonadiserver: process error: "Unknown error"
org.kde.pim.akonadiserver: terminating connection threads
org.kde.pim.akonadiserver: terminating service threads
org.kde.pim.akonadiserver: stopping db process
mysqladmin: connect to server at 'localhost' failed
error: 'Can't connect to local MySQL server through socket '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' (2)'
Check that mysqld is running and that the socket: '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' exists!
org.kde.pim.akonadiserver: Failed to remove runtime connection config file
org.kde.pim.akonadiserver: Shutting down AkonadiServer...
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.718" owner changed from ":1.718" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Application '/usr/bin/akonadiserver' exited normally...
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ dmesg | tail
[94091.888795] audit: type=1400 audit(1620473918.256:890): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.my.cnf" pid=3113838 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.143792] audit: type=1400 audit(1620473918.512:891): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.604868] audit: type=1400 audit(1620473918.972:892): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.604887] audit: type=1400 audit(1620473918.972:893): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="wrc" denied_mask="wrc" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.605007] audit: type=1400 audit(1620473918.972:894): apparmor="ALLOWED" operation="unlink" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="d" denied_mask="d" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.605070] audit: type=1400 audit(1620473918.972:895): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.605076] audit: type=1400 audit(1620473918.972:896): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="wrc" denied_mask="wrc" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.605116] audit: type=1400 audit(1620473918.972:897): apparmor="ALLOWED" operation="unlink" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysqld_tmp_file_case_insensitive_test.lower-test" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="d" denied_mask="d" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.632329] audit: type=1400 audit(1620473919.000:898): apparmor="ALLOWED" operation="mknod" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000
[94092.632335] audit: type=1400 audit(1620473919.000:899): apparmor="ALLOWED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err" pid=3113840 comm="mysqld-akonadi" requested_mask="ac" denied_mask="ac" fsuid=1000 ouid=1000
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ tail /home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err
2021-05-08T11:38:38.809383Z 0 [Warning] [MY-010097] [Server] Insecure configuration for --secure-file-priv: Current value does not restrict location of generated files. Consider setting it to a valid, non-empty path.
2021-05-08T11:38:38.809459Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) starting as process 3113840
2021-05-08T11:38:38.901504Z 0 [Warning] [MY-013242] [Server] --character-set-server: 'utf8' is currently an alias for the character set UTF8MB3, but will be an alias for UTF8MB4 in a future release. Please consider using UTF8MB4 in order to be unambiguous.
2021-05-08T11:38:38.901522Z 0 [Warning] [MY-013244] [Server] --collation-server: 'utf8_general_ci' is a collation of the deprecated character set UTF8MB3. Please consider using UTF8MB4 with an appropriate collation instead.
2021-05-08T11:38:39.365399Z 1 [ERROR] [MY-011011] [Server] Failed to find valid data directory.
2021-05-08T11:38:39.365655Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
2021-05-08T11:38:39.365745Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
2021-05-08T11:38:39.382900Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi: Shutdown complete (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1)  (Ubuntu).

mysql

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo systemctl start mysql.service 
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ sudo systemctl status mysql.service
● mysql.service - MySQL Community Server
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/mysql.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Sat 2021-05-08 13:40:34 CEST; 2s ago
    Process: 3114121 ExecStartPre=/usr/share/mysql/mysql-systemd-start pre (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 3114141 (mysqld)
     Status: "Server is operational"
      Tasks: 38 (limit: 28438)
     Memory: 378.5M
     CGroup: /system.slice/mysql.service
             └─3114141 /usr/sbin/mysqld

Mai 08 13:40:29 ubuntu systemd[1]: Starting MySQL Community Server...
Mai 08 13:40:34 ubuntu systemd[1]: Started MySQL Community Server.
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ akonadictl --verbose start 
gerhard@ubuntu:/tmp/void$ Connecting to deprecated signal QDBusConnectionInterface::serviceOwnerChanged(QString,QString,QString)
org.kde.pim.akonadiserver: Starting up the Akonadi Server...
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysql_install_db:  ""
org.kde.pim.akonadiserver: Found mysqlcheck:  "/usr/bin/mysqlcheck"
org.kde.pim.akonadiserver: Using mysqld: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.728" owner changed from "" to ":1.728"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.729" owner changed from "" to ":1.729"
org.kde.pim.akonadiserver: mysqld reports version 8.0.23 (Oracle MySQL)
org.kde.pim.akonadiserver: Executing: "/usr/sbin/mysqld-akonadi" "--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf --datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ --socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket --pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.730" owner changed from "" to ":1.730"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.730" owner changed from ":1.730" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.731" owner changed from "" to ":1.731"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.731" owner changed from ":1.731" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.732" owner changed from "" to ":1.732"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.732" owner changed from ":1.732" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.733" owner changed from "" to ":1.733"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.733" owner changed from ":1.733" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.734" owner changed from "" to ":1.734"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.734" owner changed from ":1.734" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.735" owner changed from "" to ":1.735"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.735" owner changed from ":1.735" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.736" owner changed from "" to ":1.736"
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.736" owner changed from ":1.736" to ""
org.kde.pim.akonadiserver: database server stopped unexpectedly
org.kde.pim.akonadiserver: Database process exited unexpectedly during initial connection!
org.kde.pim.akonadiserver: executable: "/usr/sbin/mysqld-akonadi"
org.kde.pim.akonadiserver: arguments: ("--defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf", "--datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/", "--socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket", "--pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid")
org.kde.pim.akonadiserver: stdout: ""
org.kde.pim.akonadiserver: stderr: ""
org.kde.pim.akonadiserver: exit code: 1
org.kde.pim.akonadiserver: process error: "Unknown error"
org.kde.pim.akonadiserver: terminating connection threads
org.kde.pim.akonadiserver: terminating service threads
org.kde.pim.akonadiserver: stopping db process
mysqladmin: connect to server at 'localhost' failed
error: 'Can't connect to local MySQL server through socket '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' (2)'
Check that mysqld is running and that the socket: '/run/user/1000/akonadi/mysql.socket' exists!
org.kde.pim.akonadiserver: Failed to remove runtime connection config file
org.kde.pim.akonadiserver: Shutting down AkonadiServer...
org.kde.pim.akonadicontrol: Service ":1.729" owner changed from ":1.729" to ""
org.kde.pim.akonadicontrol: Application '/usr/bin/akonadiserver' exited normally...

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ tail /home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/mysql.err
2021-05-08T11:40:46.022299Z 0 [Warning] [MY-010097] [Server] Insecure configuration for --secure-file-priv: Current value does not restrict location of generated files. Consider setting it to a valid, non-empty path.
2021-05-08T11:40:46.022352Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) starting as process 3114206
2021-05-08T11:40:46.024457Z 0 [Warning] [MY-013242] [Server] --character-set-server: 'utf8' is currently an alias for the character set UTF8MB3, but will be an alias for UTF8MB4 in a future release. Please consider using UTF8MB4 in order to be unambiguous.
2021-05-08T11:40:46.024467Z 0 [Warning] [MY-013244] [Server] --collation-server: 'utf8_general_ci' is a collation of the deprecated character set UTF8MB3. Please consider using UTF8MB4 with an appropriate collation instead.
2021-05-08T11:40:46.030672Z 1 [ERROR] [MY-011011] [Server] Failed to find valid data directory.
2021-05-08T11:40:46.030871Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
2021-05-08T11:40:46.030964Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
2021-05-08T11:40:46.031262Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi: Shutdown complete (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1)  (Ubuntu).

Mit /usr/sbin/mysqld-akonadi als sysmlink auf mysqld startet akonadi aber ja einen weiteren Prozess mit mysqld, der auf die akonadyspezifische mysql-konfiguration zurückgreift.

Deshalb ist wohl auch die Tabelle "akonadi" in der systemweiten mysql-Instanz leer, da ich da mal vor Jahren (2017?) mit dem Gedanken spielte den systemweiten Mysql-Server zu verwenden, statt wie bei akonadi üblich eine eigene instanz zu starten. Davon bin ich dann aber zum Glück abgekommen (daher leer) ...

Hier ist aber in den Ausgaben oben interessant, dass mysqld-akonadi kein valides Daten-Verzeichnis finden kann.

2021-05-08T11:40:46.030672Z 1 [ERROR] [MY-011011] [Server] Failed to find valid data directory.
2021-05-08T11:40:46.030871Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
2021-05-08T11:40:46.030964Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting

Für mich sieht das so aus, dass mysql 8.0 dieses Verzeichnis nicht verwenden kann, da es von mysql 5.7 stammt und noch nicht durch mysql_upgrade (das deprecated ist) angepasst wurde. Der mysql 8.0 Server passt die Datenstrukturen eigentlich nun automatisch beim start an. Möglicherweise macht er es hier nicht, da es systemweit mit den Daten unter /var/lib/mysql schon passiert ist?

gerhard@ubuntu:/tmp/void$ mysql_upgrade

The mysql_upgrade client is now deprecated. The actions executed by the upgrade client are now done by the server. To upgrade, please start the new MySQL binary with the older data directory. Repairing user tables is done automatically. Restart is not required after upgrade. The upgrade process automatically starts on running a new MySQL binary with an older data directory. To avoid accidental upgrades, please use the --upgrade=NONE option with the MySQL binary. The option --upgrade=FORCE is also provided to run the server upgrade sequence on demand. It may be possible that the server upgrade fails due to a number of reasons. In that case, the upgrade sequence will run again during the next MySQL server start. If the server upgrade fails repeatedly, the server can be started with the --upgrade=MINIMAL option to start the server without executing the upgrade sequence, thus allowing users to manually rectify the problem.

Hatte nun aus Verzweifelung schon in kde>pim/kontact gepostet.

https://forum.kde.org/viewtopic.php?f=215&t=171177

Meine Frage ist jetzt vor allem, ob ich per docker eine Instanz mysql 5.7 aufsetzen sollte, um das Datenverzeichnis lesen und per mysqldump sichern zu können, um dann alles auf mariadb 10.3 upzugraden und zu migrieren (geht nur noch per mysqldump), oder ob es doch Möglichkeiten gibt mysql 8.0 und akonadi zur Zusammenarbeit zu bewegen.

Ein Downgrade von mysql 8.0 auf 5.7 soll auch nicht mehr funktionieren.

https://mariadb.com/kb/en/upgrading-from-mysql-to-mariadb/

If you are using MySQL 8.0 or above, you have to use mysqldump to move your database to MariaDB.

https://mariadb.com/kb/en/migrate-from-mysql-8-to-mariadb-10324-howto/
https://severalnines.com/blog/migrating-mysql-enterprise-mariadb-103
https://mariadb.com/kb/en/incompatibilities-and-feature-differences-between-mariadb-104-and-mysql-80/

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Hallo, ich habe mit den Tipps hier https://askubuntu.com/questions/1182115/why-does-akonadi-not-start-after-upgrade-from-ubuntu-19-04-to-19-10/1189636#1189636 einige Fehlermeldungen weg bekommen.

Es scheint aber so zu sein, dass noch andere Dinge dagegen sprechen mit Mysql 8 das db_data Verzeichnis der ubuntu bionic 18.04.4 version von akonadi und mysql-server (5.7.33) auslesen zu können.

~$ sudo -u gerhard /usr/sbin/mysqld-akonadi --upgrade=FORCE --defaults-file=/home/gerhard/.local/share/akonadi/mysql.conf --datadir=/home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ --socket=/run/user/1000/akonadi/mysql.socket --pid-file=/run/user/1000/akonadi/mysql.pid  --log-error
~$ tail  /home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ubuntu.err      
2021-05-09T00:49:11.185698Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1) starting as process 2596315
2021-05-09T00:49:11.187953Z 0 [Warning] [MY-010122] [Server] One can only use the --user switch if running as root
2021-05-09T00:49:11.194373Z 1 [ERROR] [MY-011011] [Server] Failed to find valid data directory.
2021-05-09T00:49:11.194547Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
2021-05-09T00:49:11.194628Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
2021-05-09T00:49:11.195100Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld-akonadi: Shutdown complete (mysqld 8.0.23-0ubuntu0.20.04.1)  (Ubuntu).

Ich werde nun wohl versuchen mit docker mysql-5.6.34 zum Auslesen des Verzeichnisses zu nutzen und dann einen mysqldump des docker mysql containers zu erstellen. Dann versuche ich akonadi zu starten, nachdem ich alles unter der datadir /home/gerhard/.local/share/akonadi/db_data/ löschen oder verschiebe, nach dem upgrade von mysql-8.0 auf mariadb-10.3. Mal sehen, ob ich akonadi dann zum Start bewegen kann. Danach kann ich den dump hoffentlich einlesen.

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Es war nicht nötig, per docker mit mysql-5.7 die Datenban einzulesen um einen dump später wieder durch mariadb-10.3 einzulesen.

Der Fehler wäre wohl nicht entstanden, hätte ich vor dem LTS do-release upgrade von bionic auf focal mysql-5.7-33 auf mariadb gebracht, und zuvor die Regel beachtet ein mysql aller Datenbanken auszuführen.

Siehe:
https://forum.kde.org/viewtopic.php?f=215&t=171177
https://forum.ubuntuusers.de/topic/lts-upgrade-auf-focal-mysql57-mysql80-und-akon/#post-9251643
Was mich auf die Spur brachte:
https://askubuntu.com/questions/1182115/why-does-akonadi-not-start-after-upgrade-from-ubuntu-19-04-to-19-10/1189636#1189636

LÖSUNG:

sudo apt install mariadb-server

PS.: Es hätte ja auch sein können, dass man es mit mysql-8.0 zum Laufen bringen kann. Aufgrund der geänderten Datenstrukturen ist es wohl doch nicht möglich.

[MY-011011] [Server] Failed to find valid data directory.
[MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
[ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting

ChickenLipsRfun2eat Team-Icon

Anmeldungsdatum:
6. Dezember 2009

Beiträge: 12067

…hätte ich vor dem LTS do-release upgrade von bionic auf focal mysql-5.7-33 auf mariadb gebracht…

Wow. Was ein Kampf! Herzlichen Glückwunsch, dass es geklappt hat!

Das ist der Nachteil bei LTS. Man hängt mit der Software so weit hintendran, dass einem neuere Versionen wirklich nen Strick drehen können. Aber da hätte ich zumindest erwartet, dass einem der Upgrade-Mechanismus das entweder abnimmt — oder bei manuell installierten Paketen wenigstens den Hinweis ausspuckt und die Option auf das Abbrechen des Upgrades anbietet. Focal ist ja auch schon was älter und das Problem dürften ja einige haben.

floogy

(Themenstarter)

Anmeldungsdatum:
21. Juli 2006

Beiträge: 3294

Wohnort: Koblenz

Ein Problem ist auch, dass ich dann zwanghaft versuche das doch anders zu lösen. Dabei ahnte ich schon, dass das die Lösung sein würde. Wollte dennoch wissen, ob es nicht mit mysql-8.0 geht. Die anderen utf8 Warnungen hatte ich auch weg bekommen.

Mysql-8.0 hatte ich dann ja auch systemweit zum Laufen gebracht, indem ich die, selbst für mysql-5.7 deprercated, veralteten Datenstrukturen von zencart1 einfach zu einem Archiv gepackt und gelöscht hatte. Vielleicht kann ich das später noch migrieren. Macht aber eigentlich keinen Sinn. War eh eine alte Testinstallation von zencart.

Ein größeres Problem war beim Upgrade auf bionic auch systemd und udev. das habe ich in einem anderen Thread und vor allem im #ubuntu chat auf freenode mit einem crack dort gelöst.

Dazu musste ich udev downgraden, da das zuvor von der Paketverwaltung upgegradete udev nicht mehr vom (noch) veralteten systemd geparst werden konnte. Erst nachdem ich udev also wieder (entgegen des Vorschlags des Paketsystems) auf bionic downgradete, konnte ich systemd upgraden, weil der dann ja die ältere udev-version noch in der bionic-version des systemd parsen konnte, und somit das upgrade auch durchlief.

Danach installierte das Paketsystem das neuere udev nach, was dann auch systemd parsen konnte.

Also einfach die falsche Reihenfolge, die das Paketsystem vorschlug.

ChickenLipsRfun2eat Team-Icon

Anmeldungsdatum:
6. Dezember 2009

Beiträge: 12067

floogy schrieb:

Ein größeres Problem war beim Upgrade auf bionic auch systemd und udev…

Ja, davon habe ich auch schon ein paar Beiträge gesehen, dachte aber solche Krankheiten wären seit dem Point-Release behoben, da sonst mehrere Beiträge mit Lösungswegen im Netz rumschwirren würden.

Gerade udev ist ja nicht nur für systemd wichtig, sondern auch fürs Netzwerk. Finde ich ein wenig schade, da die Umstellung auf systemd damals per Upgrade problemlos geklappt hatte. Da hätte ich eher mit solchen Problemen gerechnet.

Antworten |