Ich benutze das Programm 'JVerein' seit einigen Wochen völlig problemlos. Seit der letzten Aktualisierung von Ubuntu heute morgen sind plötzlich die Scroll-Leisten verschwunden. Bzw es werden zwar noch schmale farbige Linien dargestellt, aber die sind nicht mehr "greifbar". Zunächst hatte ich Unity-2D im Verdacht (siehe http://forum.ubuntuusers.de/topic/unity-2d-wie-konfigurieren/). Allerdings hat die Deinstallation von selbigem hat die Anzeige nicht verändert.
Im Moment ist auf dem Notebook (T40) wieder das alternative Gnome aktiv (Notebook T40 = keine 3D Funktionalität = kein Unity) und trotzdem gibt es abweichend von anderen Anwendungen keine Scrollbar mehr. Bei Firefox oder LibreOffice) wird ganz normal rechts bzw. unten eine Scrollbar angezeigt, nur eben bei dieser Java-Anwendung nicht. Da aber JVerein keine Veränderung erfahren hat vermute ich die Ursache des Übels in Natty ... ?
[ergänzung:] nachdem auch das 'alternative Gnome' das merkwürdige Verhalten gezeigt hat, bin ich inzwischen zu Unity-2D zurückgekehrt. overlay-scrollbar ist installiert und funktioniert in anderen Anwendungen (z.B. gconf-editor). Firefox & LibreOffice dagegen zeigen die 'klassische' Scrollbar