2 etwas kreativere Ideen:
1. Kopiere alles in eine Zeile, etwa so:
apt-get --simulate install libgcr-base-3-1:amd64 ...
usw. Das würde die Updates auch versuchen zu installieren. Nun lässt du die hintere Hälfte weg und testest nur die erste Hälfte. Taucht das Problem nicht auf, liegt es an der zweiten Hälfte. Dann testest du diese - und teilst sie wieder in die Hälfte auf. Bis du den Übeltäter hast.
2. Apt-Pinning von xserver-xorg-core (Sperren) - das ist ja das Paket, was überhaupt erst X-Anwendungen ermöglicht. Also dieses verbieten: "negativer Wert: Version wird nicht installiert". Danach kommt beim updaten vielleicht so eine Meldung:
Die folgenden Pakete besitzen unerfüllte Abhängigkeiten:
z600cups: Hängt ab von: cups (>= 1:1.1.15-10) aber 1.1.20-103 ist installiert
Dann haben wir es erstmal verboten - und wissen vielleicht mehr über den Übeltäter und was man dann machen kann. Z.B. den deinstallieren, wenn sowieso nicht benötigt/ X-Anwendung ohne zu tiefe Abhängigkeiten vom System. Bzw. warum das evtl. ein defektes Paket ist, das zu viele Abhängigkeiten eingetragen hat - und es vielleicht entpacken und in der control-Datei austragen.