Da täuscht Du Dich.
Habe es gerade nochmal wiederholt und der selbe Fehler.
Dolphin aus dem dem Standard Anwendungszentrum installiert. Dolphin deinstalliert. Die Gnome Extension Desktop Icons funktioniert in dem Moment nicht mehr. z.B. Rechte Maustaste Open Terminal läuft sofort auf einen Fehler.
Und die user-dirs.dirs ist wieder verändert worden
Abmelden - Anmelden und der Desktop ist voller Icons, die alle aus dem Home Verzeichnis stammen. Was auch kein Wunder ist, denn es gilt ab nun XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/" .
Das Problem ist nur, das war ich nicht, der es geändert hat.
Edit: Jetzt sehe ich auch gerade was passiert ist.
Alle leeren Verzeichnisse sind gleich mit aus dem Homeverzeichnis gelöscht worden. Und genau diese vor der Dolphin Installation/Deinstallation vorhandenen Ordner und in der user-dirs.dirs völlig korrekt vorgegebenen Pfade laufen jetzt alle stattdessen auf "$HOME/." Also wird eine Anwendung dynamisch, vielleicht bei der Neuanmeldung die user-dirs.dirs auf Validität der Einträge prüfen und wenn das Ziel nicht existiert, dieses auf $HOME/ setzen. Ich würde mal vermuten, dass es die Extension selbst ist. Der Fehler bei mir ist natürlich der Doplhin install/deinstall Prozess, der scheint persönliche Daten aus dem Home Verzeichnis zu löschen.
Bei mir waren es Schreibtisch (habe keine Dateien auf dem Desktop), Vorlagen, Musik und Videos.
Diese Ordner sind jetzt weg.
Das ich die QT Anwendungen einen anderen Look geben kann ist mir klar, es ist nur Fummelkram das an die verwendete GTK Optik anzupassen und ich befürchte ernsthaft, dass diese Arbeit das Update auf 24.4 nicht überstehen wird.